Le autorizzazioni integrate ambientali sostituiscono ad ogni effetto le seguenti autorizzazioni ambientali:
Autorizzazione alle emissioni in atmosfera, fermi restando i profili concernenti aspetti sanitari (titolo I della Parte quinta del D.Lgs n.152/2006 e s.m.i.)
Autorizzazione allo scarico (capo II del titolo IV della Parte terza del D.Lgs n.152/2006 e s.m.i.)
Autorizzazione unica per i nuovi impianti di smaltimento e recupero dei rifiuti (articolo 208 del D.Lgs n.152/2006 e s.m.i.)
Autorizzazione allo smaltimento degli apparecchi contenenti PCB-PCT (decreto legislativo 22 maggio 1999, n. 209, articolo 7)
Autorizzazione all'utilizzo dei fanghi derivanti dal processo di depurazione in agricoltura (decreto legislativo 27 gennaio 1992, n. 99, articolo 9)
Inoltre le autorizzazioni integrate ambientali sostituiscono la comunicazione per il recupero dei rifiuti di cui all'articolo 216 del Dlgs n.152/2006.